文献引用管理软件是能够在写作论著时嵌入标引文献并自动在文末生成参考文献列表的软件。这类软件还能够针对不同的文献引用格式要求一键自动改变文中的文献标引方式（如编号制或作者-年份制）和文末的参考文献列表格式（如按照作者姓氏字母排列或按照标引顺序排列）。目前在国内外用得最多的文献引用管理软件是EndNote，它是一款由美国的公司研发的付费软件。在国内用得比较多的文献管理软件除了EndNote，还有NoteExpress，后者是国内的北京爱琴海软件公司于2005年开发的付费软件，擅长处理中文文献和支持中文数据库检索。除了这两款主流软件，还有两款免费软件（Zotero和Mendeley）也比较受欢迎。Zotero是美国的乔治梅森大学在2006年研发推出的软件，是一款具有代表性的免费软件。用户能够在其网站（https://www.zotero.org）下载该软件。
在选择文献引用管理软件时，以下6项原则是决定性的考虑因素：
（1）能够方便和准确地导入文献信息，输入输出转换文件格式的中间环节较少；
（2）能够在写作论著时方便地嵌入标引文献；
（3）能够根据参考文献引用格式要求灵活地一键自动改变格式；
（4）中文和英文参考文献的列表信息准确，用户手工修改工作量小；
（5）能够在收集的文献上分类并添加标注和笔记；
（6）价格可以接受。
不同的软件在以上6个方面具有显著的不同。虽然Zotero在前5个方面与EndNote相比有所逊色，但由于它是免费的，而且能够基本完成前5个方面的任务，因此它仍然拥有相当多的用户。
据不完全统计，根据小规模抽样调查已经发表的期刊论文使用文献引用管理软件的情况，在使用文献管理软件的论文中，90%以上的论文使用EndNote或NoteExpress，而使用其他软件的论文不到10%，其中包括Zotero。另外，在万方数据库中检索“EndNote”或“NoteExpress”作为主题词的期刊论文，均能发现50多篇专门研究或报道使用的论文，而研究或报道使用Zotero的期刊论文只有4篇，Mendeley则没有论文研究或报道。
Zotero的最鲜明特征和初始优势是使用浏览器插件，使用户能够方便地一键导入从浏览器网页上抓取的文献信息。它能够识别和提炼网页中的文献要素，针对期刊论文、学位论文、博客文章、书的章节等不同形式的网页文献内容，自动提取元数据信息（如标题、作者、刊名、年卷期、页码、摘要）。当用户上网搜索到文献并点击浏览器地址栏中的Zotero浏览器插件标记时，可将文献一键收藏到自己创建的Zotero文献管理库中，而且能够下载具有下载权限的pdf格式的文章全文。
Zotero在用户界面和使用方法上与EndNote非常相似，大同小异，本文不赘述，详情可见其官网。以下3条注意事项值得关注。它们不仅适用于Zotero，而且适用于所有其他文献引用管理软件。
第一，由于各文献数据库在录入元数据信息时采用的标准不一致，导致论文标题在英文字母大小写方面比较混乱，迫使用户需要花费时间手工修改和整理统一。例如，有的数据库将收录的论文标题列为每个单词的首字母均大写（例如“A Review of Single-Objective Optimization Models for Plug-in Vehicles Operation in Smart Grids Part I: Theoretical Aspects”），而有的数据库则仅对第一个单词的首字母使用大写（如“A review of single-objective optimization models for plug-in vehicles operation in smart grids part I: theoretical aspects”）。实际上，后者的格式是正确的。这要求用户必须针对文末参考文献列表中的每条文献进行检查和手工修改。这部分工作是用户使用文献引用管理软件时的最大工作量。
第二，当使用书籍作为参考文献时，通常需要引用到章（甚至节），而不能只引用整本书的书名。这是学术严谨性的表现，也是通常的文献引用要求。但是，在文献引用管理软件中，不同的参考文献引用格式在文末参考文献列表中开列书的章节时的处理方式是非常不同的。有的格式仅显示章的编号，而有的格式则显示章的编号和章的标题。那么，针对不同的引用格式，用户需要考虑是否有必要修改章的编号和章的标题的元数据写法。例如，究竟是在章标题处写成“第12章 稳健参数设计与过程稳健性研究”还是只写“稳健参数设计与过程稳健性研究”。
第三，不同的参考文献引用格式在文末参考文献列表中开列作者姓名的处理方式是不同的。有的格式仅显示前三位作者，而将排名在后面的作者用“et al.”或“等”代替（如Nguyen, T. N.; Nguyen, A. T.; Khuong, L. Q.; et al.）。有的格式则开列所有作者的姓名（如Nguyen, T. N.; Nguyen, A. T.; Khuong, L. Q.; Nguyen, T. X.; Nguyen, H. T. T.; Nguyen, T. T. H.; Hoang, M. V.; Pham, T.; Nguyen, T. N.; Vu, H. T. T.）。那么，对于后者这种格式，如果不想在参考文献列表中开列所有作者的姓名，用户就必须手工修改作者姓名的元数据，或者在关闭自动更新文献列表功能后手工删除后面的作者姓名并录入“et al.”。
以上提到的英文论文标题大小写的问题、书章标题是否带有章号的问题，以及作者姓名录入数量问题，是用户在使用任何文献引用管理软件时需要特别注意花时间检查和纠正的地方。Zotero在前述5项决定性因素和3条注意事项方面与EndNote的差距究竟如何，需要根据每个专业领域的文献数据库收录状况和期刊参考文献引用格式要求做出实际对比测试后才能确定，这属于文献计量学的研究范畴。
