医学研究论文的写作与其他科学科技类论文写作，在格式和呈现上没有决定性的差异，主要架构都是以方法、结果、讨论与结论组成，并有个摘要与前言来让读者了解一篇论文的主要研究目的和实际贡献。比较大的差别是资料取得部分。
医学研究论文中，包含临床医学研究论文，而这种类型的研究就是关于医学知识和概念的应用，以及若干药物施打或服用、手术方法、科技设备等，如何在临床病例中解决问题的研究。但即便是这类论文，写作方式都得清楚、有组织，并有个贯穿全文的论述以及有力的结论。在正文和引文格式上，也必须具有若干要项，才能满足期刊的基本要求。
生技与医疗研究成果得经过相当长的一段尝试期，才会落实到临床医疗的实践上，一般十年的间格是正常的情形，而且落实的创新医疗不见得能够深根，从事医疗研究的人员应该要多从桥接理论与临床经验的角度，来建立资料搜集和分析策略，并从实证经验来撰写论文。值得注意的是，?医学论文的资料来源若是临床病患，或实验对象是人或动物，那就必须特别谨慎地处理医疗伦理以及研究伦理的问题。根据1975年的赫尔辛基宣言，人体或动物实验必须遵从明定的伦理规范，除了人道主义原则以外，还需特别注意个人匿名、资讯保密等方面的处理方式；若有任何规范遵守上的疑虑或模糊地带，论文作者必须明确解释自己在处理这些疑虑和模糊地带的方法和原则，并展示医疗与学术机构的伦理委员会同意研究方法和执行方式的文书证明。
医学论文撰写有一定的结构，是所有作者都必然需要掌握的。值得注意的细节，整理为以下几点：
- 研究主题
研究主题应该具有原创性。判别是否具有原创性的关键，是在现有文献上有进一步的新发现、并值得报告的研究主题之上，作者是否提出了具有明确的、学界尚未回答的问题，并有一套分析问题、解决问题、提出更进一步问题的系统性论述。
- 论文种类
确定研究主题和主要的研究问题之后，作者应该清楚地交代所采用的质化、量化研究方法。也有许多是针对不同研究问题的特殊性所发展出的综合性的处理方法。这些都可以在研究方法部分、文献探讨部分交代。
- 文献回顾
除了尽可能掌握关于研究主题相关的近期文献外，作者最好是能够在文献回顾部分有简洁的介绍，让读者能够清楚地看到作者对于研究主题和研究问题所掌握的关键。
- 资料组织
资料组织方面，必须以清楚、精确的图标呈现为最主要的目标，并能够佐以有意义的量化与质性分析，来协助读者理解数据和资料的意义。在统计上最好能使用一些表述工具来解决歧义资料的问题，并且谨慎使用是否有统计意义的形容。
- 写作结构上，与其它STEM类型的文章类似。前言部分，得包涵简短回顾、既有研究文献不足、本研究的目的和范畴等等。第二部分是交代研究的材料或实验/病患的性质，并且讨论研究方法、研究设计、统计分析，并交代与此研究相关的学术伦理和医疗伦理疑点和解决的方法。第三部分则是研究结果，包含数据呈现以及数据的相关性。第四部分则是就研究结果进行细部讨论，包含此研究的优点和限制等等。
作者应该要审慎阅读既有文献，绝对不要浪费时间写一篇研究主题已经出现过的文章。对于一个研究主题下学界已经作出的研究是否有通盘掌握，是判定一篇论文有没有价值的基本准则之一。如果有充分理解到已经完成的研究，那这一篇论文就理当会避免重复已经做过的研究，期刊评审对于支持这种论文的刊出也会有比较充足的理由。每个期刊也会有个自采取的引文形式和字数限制，必须要尽可能符合期待，期刊编辑也比较愿意接受。
成功投稿的要件总结如下：
- 系统、新颖的研究问题
- 明确、有效的研究方法
- 清楚、有意义的数据分析
- 全面、扼要的文献回顾
- 符合期刊格式要求、架构完整的行文论述
若要进一步了解成功投稿医学期刊的关键，可以收看Enago举办的网课。
