传统的学术论文出版模式要求作者把版权完全转让给出版商，这种专有的版权转让通常被作为出版的先决条件。在这个过程中，作为创作者的作者把传播和复制的控制权和所有权转移给作为传播者的出版商，而出版商则可以将此权利货币化，从中得到商业利润。这种出版模式在历史上根植于前数字化时代，出版商控制了学术论文发表和传播的途径。现在，出版转让权代表了保护作者权利与出版商和研究所的财务和声誉利益之间微妙而紧张的关系。在开放获取的大潮推动下，作者通常会保留其作品的版权，并且根据文章的类型和发表渠道授予出版商许可权。
传统的版权转让存在以下几个问题：首先，由于出版通常必须要版权转让，很少有无压力下的自由转让或获取。其次，作者几乎无法反对签署版权转让协议，因为学术论文的发表直接导致研究人员的职业发展前途，而且如果选择重新开始同行评审会浪费时间。这些权力的游戏不会使作者受益，反而会损害学术自由。这也部分解释了为什么科学研究中的作者，不像其他行业（例如影视音乐）的原创者能够获得版税酬金，出版商通常不给科研作者任何报酬。也解释了为什么许多科研作者虽然不同意这种做法，却不得不继续签署版权转让协议
如今，在线学术出版存在两种经济模式—商业和开放获取。商业模型提供订阅和按次付费系统，公开提供标题和摘要。开放获取模式允许在线免费阅读全文，大大提高了学术交流和知识传播的速度。开放获取取消了价格壁垒（订阅费）以及许可权壁垒（版权授权限制）。传统期刊发表中的版权转让协议影响论文的传播和被引用，而不受版权限制的开放获取让自由分享的精神发扬光大，越来越被学术界认同。新技术对传统信息介质的传播方式和组织结构的冲击，会导致传统学术期刊的影响力逐渐下降。科学家和科学政策制定者必须重新考虑如何最好的传播公共资助的研究结果以及如何最好的支持这种传播方式。
美国的知识产权法案规定美国政府的任何工作不具备版权保护，也就是说作为其职责的一部分，美国政府雇员创作的作品本身就属于公共领域，任何人都可以免费使用，因此不受版权保护。学术论文发表的目的是分享新的发现，推进研究探索，影响他人思想。科学家从出版发表中的收益也是间接的而非直接报酬。只有广泛传播研究成果才有可能为公共利益服务，这也是公共资助研究得到支持的原因。美国一些主要的研究和高等教育机构正在重新审视其版权管理的措施，鼓励这样一种观念：公共利益应该优先于大学或个人学者的经济利益。
