新工科建设目前正在我国如火如荼地开展。新工科强调以宽厚的科学技术基础和多学科交叉的工程实践，培养学生的跨学科创新能力。在新工科建设的基础框架中，一个素养、两个理念和三个方法具有特殊重要的位置。一个素养指的是学术素养。两个理念指的是数字化和智能化。三个方法指的是以系统工程、可靠性工程、试验设计及优化作为工程技术教育的三大通用基础。其中，运用系统工程思维理解工程伦理问题，不仅对于提高工程伦理教育质量大有裨益，而且对于训练系统工程在其他学科的应用能力也非常有用。
工程伦理属于学术素养中的科技伦理和职业道德部分。学术素养包括专业热情、科技伦理和职业道德、学术道德、学术写作、科研经费申请写作、英文科技写作要求、翻译方法、英文写作方法、科研计划与管理、科研方法、文献检索及引用、数据处理方法、学术图表、学术汇报和交流、英文期刊投稿方法、学术能力评价、学术社交影响力等17个部分。
系统工程包括系统论基本原理、系统工程的原理与实践、组织理论和工作流程、系统设计、控制论、运筹学与优化、系统辨识技术、状态空间方程、系统动力学、系统元素之间的相互作用、系统的评价决策方法等内容。
根据教育部颁布的《普通高等学校本科专业目录》规定，本科专业按照学科门类、专业类、专业三个层次设置。根据教育部颁布的《学位授予和人才培养学科目录》规定，研究生专业按照学科门类、一级学科、二级学科三个层次设置。本科专业目录中的专业类与研究生学科目录中的一级学科相对应。本科专业目录中的专业与研究生学科目录中的二级学科相对应。研究生学科目录包括13个学科门类，即哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学、艺术学。在理学门类中，系统科学是一级学科，包括“系统理论”和“系统分析与集成”两个二级学科。在工学门类中，控制科学与工程是一级学科，包括“控制理论与控制工程”、“检测技术与自动化装置”、“系统工程”、“模式识别与智能系统”、“导航、制导与控制”五个二级学科。
如果将系统工程作为普适于各个学科的方法论工具，用得最多的一个功能恐怕就是分析系统元素之间的相互作用，并使用完整的系统视角进行评价决策，达到最佳的平衡和折中。例如，在产品研发系统工程中，系统元素包括工作职能（下辖分析、设计、测试、协调）、产品属性（下辖性能、耐久性、封装性、成本）、产品实体（下辖系统、子系统、部件）、产品用途（下辖陆用、海用、航空用等）。这些元素之间存在冲突，例如发动机的功率性能与耐久性具有冲突，配气机构与涡轮增压器发生性能上的冲突。将需要分析的问题作为一个系统，排列出系统元素，识别出矛盾冲突，给出优化决策途径，是将系统工程思维作为普适方法论运用到各专业技术领域的最基本要求。
工程伦理作为目前工科研究生的必修课，一方面培养青年学生的科技伦理和职业道德，另一方面训练解决矛盾冲突的实践能力。工程伦理中充满伦理困境，需要实践者具备高度的系统工程技能，才能从整体上把握处理伦理困境的正确方法。因此，工程伦理不单是作为一门人文社科素养课程出现，更多地应该是作为一门理工科训练课程出现。将系统工程与工程伦理相结合，不仅能够极大提高工程伦理课程的教学效果，而且能够为系统工程运用提供一个绝佳的实践阵地。
过去的工程伦理教育案例多集中于对工程质量事故、工程选址决策、转基因食品和基因工程等科技政策方面的反省。实际上，在当前的各行各业中，均存在大量的工程伦理思辨热点问题。例如，在科技创新风险管控方面，纯电动汽车在节能减排方面的潜力与自燃火灾风险形成一对尖锐矛盾。运用系统工程方法能够分析影响矛盾的各个因素，形成最能够满足工程伦理要求的优化方案。另外，纯电动汽车在旧电池收回方面与控制碳排放之间也存在产品政策上的工程伦理问题。氢能汽车发展和自动驾驶技术也存在产品政策上的大量工程伦理问题。一个行业的技术要想发展，工程伦理必须先行，这样才能避免在行业政策上走弯路。系统工程方法能够为基于工程伦理的行业政策正确论证保驾护航。
在新技术发展过程中，在社会系统工程这个大框架下，也存在一系列尖锐的工程伦理问题。例如，在新产品开发中，制造商使用新版产品强制淘汰旧版产品，导致消费者利益受损。由自动化和人工智能技术推动的新技术导致旧技术崩溃，造成从业人员失业和转型。在人才市场上，人才带着技术流动，带来竞业利益冲突和知识产权维护方面的工程伦理问题。在消费者市场上，原本属于工业品市场的人工钻石异军突起，以低价抢夺天然钻石的首饰品市场份额，造成消费者思想混乱，动摇天然钻石的价值意义。这种颠覆行业历史的做法为从业者带来工程伦理方面的拷问。另外，在信息时代的大数据商业权利和隐私保护问题，以及数据共享和开放运动中的学术道德问题，都向人们提出了工程伦理方面的系统工程思考要求。
