期刊编辑能用同行审阅来判断什么文章有刊登的价值。同行审阅既是检验原创性发表质量的重要环节，也是期刊维持公信力的重要机制。好的审阅意见可以发掘出劣质研究，也能够协助论文作者提升文章的质量。对期刊编辑来说，好的审阅意见不仅点出论文的结构有没有问题、方法对不对、资料清不清楚、能不能支持研究者的结论等客观问题，能协助编辑作出是否接受论文的决定。九月21-25日的同行审阅周，就是一项让大众能够理解同行审阅制度重要性的年度盛事，它会展现出许多编辑和审阅者的工作成果，并让他们分享一些理想中的研究成果发表的步骤和方法。
同行审阅在理想中是趋近于客观的制度，但实际操作起来仍存在许多个人偏见和运作空间。有些审阅意见直接说明文章与期刊宗旨不符，因此不建议刊登。有些则会批评英文不好，看不懂，所以不建议刊登。也会有一些倾向不建议刊登、但有些模棱两可的审阅意见，如要求研究中必须有哪些实验数据、文章逻辑顺序需要调整、某些特定的参考数据必须加进去、或文章的许多部分应该要大幅度修改等等。有些要求不见得完全合理，有些意见可能与其他的审阅者意见抵触。当一篇文章有建议刊登以及不建议刊登两种相抵触的审阅意见时，期刊编辑如何处置？ 期刊编辑采取的方式大致有三种。第一种是寻求第三位审阅者的意见。第二种则是期刊编辑熟悉题材和研究范畴，所以自己裁定刊登或不刊登。另外一种情况，是期刊编辑会要求投稿者根据不刊登的审阅意见修改自己的文章，并重新提交审阅。
当投稿者收到审阅意见后，若是不同意，也可以尝试向编辑说明审阅意见有什么问题。一种做法，是仔细为编辑分析几位审阅者说法抵触、不合理、具有偏见、或过度极端分化的审阅意见，并针对其中较为合理的、能够协助文章提升质量的意见，来修改文章并重新交付审阅。PeerJ在调查了分布在46个国家的1106位科学家后发现，超过一半的人反映曾经收到过至少一次”不专业”的审阅意见，不只是没有建设性的说法而已，还包括人身攻击、言语暴力等，甚至有审阅者还因为文章作者的姓氏是西班牙裔的，就完全不看了，因为他假设对方英文一定很差。这些情况不仅仅会使得投稿者的研究无法刊登、质量无法提升，甚至还会打击到研究者的信心，对科学界长远发展有负面影响。
作为研究者，接到正评与负评时，该如何应对才能让文章质量提升、增加刊登的机会，也是一门功夫。首先就是先冷静，好好想一想审阅意见究竟意味着文章必须做什么情况的调整，再从简单的一些工作开始做起。如果审阅意见说，希望作者将文章引言的焦点放在自己的研究和研究结果上，并且应该注意最后两句话语意不清，那就把这两个要求做到。再来是好好检视自己提供的数据，或甚至重新设计新的实验。这都必须把审阅意见里点到的问题考虑进去。如果审阅者要求的实验成果，其实超出了文章设定的研究范畴，那就回复说，这个建议相当实用，将会作为以后研究的目标等等。若不同意一些审阅意见，也可以一一回复，指出文章已经处理到的方面。回复得尽可能简洁，并将有显著更正的地方标明，让期刊编辑能够清楚看到。切记审阅意见点到的问题，必须完全回复，如此才能增加刊登的机会。这也意味着研究者必须要耐得住性子，让审阅者和期刊编辑都感受到诚意。
