网络化、数字化的高速发展使学术期刊的投稿方式、出版形式以及传播方式都产生了巨大的变化。目前, 国内外绝大部分学术期刊都在使用在线投稿和同行评审系统。也就是说作者要投稿，一般须先注册，然后按照评审系统的投稿提示，一步步完成投稿。在线投稿和同行评审系统的功能比较强大，一般包括：投稿、审稿、稿件编辑、编排交流、信息发布等功能。虽然各出版社所使用的在线投稿系统在界面或投稿细节上会各有不同, 但总体功能却都非常相似。其目的就是为了让编辑、作者和评审之间的联系更方便，沟通更顺畅，在提高出版效率的同时，尽可能地降低出版成本。
比较常见的在线投稿系统是由Aries Systems Corporation公司开发的Editorial Manager，是目前国际上使用最广泛的在线投稿与审稿系统之一。据说Editorial Manager现在的使用者已超过 3800 种期刊，包括Springer，Nature和PLOS在内的出版社都在使用该投稿系统。EES是在线投稿系统中的另一个巨头，使用该投稿系统的代表杂志有Biochemical and Biophysical Research Communications等。另外，还有Thomson路透的Scholar One以及我们接触较多的Chinese Medical Journal所使用的Journal on Web系统等。此外，还有一些出版社是使用自己开发的投稿系统。
在线投稿一般都比较简单，通过以下六个步骤就可以轻松完成您的投稿过程：
- 准备好您的稿件；
- 注册或登录；
- 输入稿件信息；
- 将您的稿件上传到系统；
- 提供附加信息；
- 检查并提交您的论文。
由于网络是整个投稿、评审过程的载体，因此只要有网络，作者就可以在全世界的任何地方随时投稿，并且可以通过自己的账号查看论文的评审进度，无需再向编辑部查询。对于编辑来说，也可以通过网络将作者的论文更快地发送给世界各地适合的评审，并随时进行及时有效地沟通。对于评审来说，美观简洁的界面一目了然，使用起来更加方便快捷。整个在线投稿、评审的过程明确了各个角色的责任，极大地提高了效率，完全实现了投稿、审稿过程的无纸化操作。整个流程是那么方便、简洁、高效，使参与进来的各方人士都从中获益。
当然，所有的新事物的发展都是一个发现问题解决问题的过程。近年来我们目睹了在线投稿和同行评审系统的显著进步，但同时我们也注意到当中存在的一些安全隐患和道德问题。例如，经常被讨论的账户、密码管理不善或安全级别太低的问题，还有最近被广泛关注的有人利用系统漏洞制造大量虚假同行评审，最终导致多篇文章被全部撤回的事件。这些都暴露了现代出版系统的一些弱点，但与此同时，这些安全隐患也在逐步得到修正。总体来说，在线投稿和同行评审系统的优点还是远远超过了它的缺点的。在使用评审系统整个过程中，编辑必须切实地负起责任，充分发挥自己的专业水平和职业道德，邀请适合的审稿人，以适当的方式进行选择处理，才能使这类问题的发生最小化，确保评审系统的客观、可靠和公平。
