论文查重是每个学生、科研人员、期刊编辑必须具备的基本功和日常工作。查重可以避免作业和作品有意或无意形成抄袭，使文章的重复率降低到合理和合格的水平。在使用查重软件时，人们通常有四大担心：收录安全性，重复率准确性，查重费用，对重复内容的标记提示程度。这四大担心决定了查重软件的四大使用原则。
原则一：查重需要避免文章被收录
查重需要将文章上传给互联网查重软件。如果查重软件将文章收录，那么在下次查重时就会发现重复率几乎是100%，因为内容与上次查重的论文几乎一样；100%重复率的论文当然是不合格的，这就构成安全性问题。解决安全性问题的方法是在使用查重软件之前慎重调查该软件是否会收录文章，并须选择不收录文章的查重软件。有些查重软件是免费的，但是却大肆收录每篇文章。这种依靠免费换取文章资源，实际是一种变相收费，会使作者蒙受损失。例如，使用某些大学生查重检测平台进行论文查重，就有可能会被收录。所谓的查重过程安全无痕就是指不管是一次还是多次查重，都不会被收录到数据库中，那么自己做的论文查重就不会影响以后投稿时出版社编辑做的查重结果。另外，安全性的另一个问题是需要避免非官网个人代理查重系统的管理员将查重提交的论文下载后移作他用。
原则二：查重需要确保重复率准确
不同的查重软件由于使用不同的数据库和对互联网数据的抓取能力有所不同，会造成针对同一篇文章报出的重复率有所不同。这就是准确性问题。很多免费查重软件的数据库很小或很少，因此报出的重复率很低，这非常误导人们的判断。例如，如果自己选用的查重软件给出的重复率远低于期刊或学校指定的查重软件的重复率，那就非常误事。
原则三：查重需要警惕免费软件
目前市场上存在大量免费查重软件，良莠不齐，并非越便宜越好或越免费越好。免费软件很多具有安全性或准确性问题，需要非常小心地鉴别，不能贸然将自己的宝贵作品提交出去。否则一旦发出，后悔晚矣。正确选择免费或低价查重软件的原则是在确保安全性和准确性的基础上越便宜越好。当然，随着市场上查重软件越来越多和查重降重市场的日趋火爆，关于这个问题的调研是一门深入的学问，需要投入大量时间精力去搜索和研究，包括查阅专门的对比性学术论文。很多免费查重软件对安全性问题故意避而不谈。因此，用户在选用时需要特别谨慎。
原则四：查重需要注意重复内容的标记质量
多数查重软件会针对重复内容进行标记，便于作者修改。某些与专业化学术语言编辑公司相关的查重软件通常还会宣称能够针对重复内容给出优化的降重建议。例如人们熟知的Grammarly是一个在线英文语法纠正和校对工具，实际上它还具有英文查重功能。常用的英文降重方法包括主动句与被动句替换、将简单句组合成复杂句、将复杂句拆分成简单句、使用近义词替代词汇等。
下面简介主要的英文和中文查重软件。英文和中文的查重软件有很大不同。市场上存在大量免费的中文查重软件，但是却没有很多免费的英文查重软件。iThenticate是SCI期刊论文投稿时常用的收费英文查重软件，大约100美元查重一篇论文（https://www.ithenticate.org.cn或www.ithenticatecn.com）。iThenticate在查重时不收录文章，因此是安全的。
Turnitin 是一款学校经常用于作业和毕业论文的英文查重软件（www.turnitincn.com或http://www.turnitin.org.cn）。很多高校提供的Turnitin是免费的，但代价是文章在学校查重后一般会被收录。所以，在学校查重时必须谨慎提交，避免再次查重时与上次提交的内容重复而造成重复率永远无法达标。例如，学生可以先使用校外的Turnitin入口自查，当检测合格后再使用学校的Turnitin入口查重。校外的Turnitin查重主要是为了赚取查重费用，因此即使进行多次查重检测，文章也都不会被收录，是安全的。
iThenticate和Turnitin查重软件的开发公司是美国的iParadigms公司。它曾与非营利性组织Crossref合作，而Crossref使用的检测服务系统CrossCheck的核心技术就来自iThenticate。Crossref是全球最大的DOI（数字对象标识符）代理注册机构。
著名的中文查重软件包括中国知网、万方、维普、学习通（PaperPP）、PaperPass、PaperYY、PaperFree、PaperTime、PaperAsk、PaperBye等。这些软件都为用户提供或多或少的免费查重机会。中国知网不收录查重的论文，因此是安全的。中国知网只收录已经发表或公开上传的论文。但是，仍然需要注意过了毕业季之后再次查重是否会被收录。检测痕迹并不代表被收录。只要不收录，就不影响重复率，即不会等到学校检测论文时出现重复率大幅度提高的问题。如果实在担心查重后被收录，造成无法通过学校的查重检测，也可以先使用学校不用的查重软件进行查重和修改。实际上，很多学生用的都是免费的PaperYY再加最后一次付费的中国知网。目前，PaperYY的至尊版比普通免费版多3个数据库，因此能够查得更加准确。普通免费版是不限时间的免费，而至尊版是每天有11分钟免费。个案研究表明，PaperYY至尊版的重复率有时大约是中国知网的两倍。因此，如果PaperYY至尊版能够满足重复率要求，那么基本就能通过学校的知网查重检测。如果不放心，可以再付费查一次中国知网。
最后，值得注意的是，市场上有不少汇集各种中文论文查重软件的对比平台，其中两大著名的对比平台是https://www.checkvvip.com 和百度学术论文查重。
