同行评议最早的雏形可以追溯到17世纪中叶，在《英国皇家学会刊物《 (The Philosophical Transactions of the Royal Society) 创刊之后，当时的主编开创了这个先河，请同专业的人审阅文章，看是否能够被发表，这是要比由主编自己决定要更加公平一些。经过几百年的发展，传统的同行评议逐渐成熟，但都保留了两个基本操作原则，一个是匿名，这样可以审稿人就可以自由地发表意见，而没有什么后顾之忧，这样就减少了客观干扰带来的偏差，同时也可以使得对文章的审查可以更加全面。另外一个是审稿人要进行独立思考，做出判断，所以原则上都是需要审稿人与文章作者之间不能有利益冲突或者互利互惠。
但是现在随着科学分支的不断增多，小同行的圈子变得更加小，而大同行都不能保证就能完全理解对方的研究，同时随着期刊数量和发表的文章总数的急剧增加，编辑想要给文章找一个非常合适的审稿人都是个很有挑战的事情。同行评议的初衷肯定是好的，但是有可能审稿人对文章存在着误解或者偏见，而编辑总是会更加尊重审稿人的意见，这个时候为难的常常是作者，怎么回答都不好。如果同行评议是透明的，这样会使得审稿人更加小心，一些原来并不合适审稿但是却接受审稿邀请的人会迫于压力放弃尝试，结果也会使得审稿意见的偏见会更少一些。
现在被撤稿的文章的数量也在不断增加，但是文章被撤稿的时候，审稿人并没有受到任何影响。而本来他们对文章的质量是有一定责任的。同时，现在利用同行评议欺骗的事情也时有发生。如果同行评议过程变得更加透明一些的话，对审稿人是会产生一定的监督作用，而减少这类事情的发生。
但是，透明并不意味着同行评议过程是要完全公开的。一些开放获取期刊是希望可以去掉同行评议过程，而加快文章发表的周期，这有助于他们的利益最大化。但是科研还是需要严谨的，匿名的同行评议实行了几百年而没有发生本质的变化，至少说明它是有很大的优点的。去除匿名过程也就意味着把审稿人放在聚光灯下细细检查，这样会使得本来就已经很难找到合适审稿人的现状变得雪上加霜。所以，要讨论的是：多少的透明程度是最合适的呢？
